Правління султана Сулеймана I символічно пов’язане з боротьбою проти лицарів-госпітальєрів: після захоплення Родосу в 1522 році протистояння завершилося Великою облогою Мальти в 1565-му.
Після перемог османського флоту в Середземному морі під проводом Хайреддіна Барбаросси османський вплив у регіоні значно посилився. Його наступник Тургут-реїс, відомий європейцям як Драгут, продовжив рейди проти іспанських, італійських та інших християнських володінь. Водночас Османська імперія втягнулася в боротьбу з Габсбургами, а Барбаросса виступив союзником французького короля Франциска I у війні проти Карла V.
Особливе значення для Сулеймана мала Мальта. Після передачі острова госпітальєрам у 1530 році лицарі відновили активність на морі й почали атакувати османські інтереси. Їхні дії, захоплення кораблів і високопоставлених чиновників поступово переконали султана в необхідності ліквідувати орденську присутність у регіоні. Після поразки християнської коаліції біля Джерби в 1560 році перед Османською імперією відкрилися нові можливості для наступу.
Оборону Мальти очолив великий магістр Жан Парізо де Ла Валетт. Госпітальєри зміцнили форти Святого Ангела, Святого Ельма та Святого Михайла, поповнили флот і підготували острів до очікуваного вторгнення. Населення збирало запаси всередині укріплень, а споруди, які могли дати османським військам прикриття, знищувалися.
У травні 1565 року до Мальти прибула величезна османська армія під командуванням Мустафи-паші та Піяле-паші. Разом із ними діяв Драгут. Османські сили значно переважали захисників чисельно, однак госпітальєри, мальтійська міліція та прибулі іспанські й італійські війська підготували вперту оборону.
Перші атаки на Біргу та Сенглею не дали очікуваного результату, після чого османське командування зосередилося на форті Святого Ельма. Потужний артилерійський обстріл, траншеї та постійні штурми поступово руйнували укріплення. Захисники кілька тижнів стримували наступ, розуміючи, що кожен додатковий день дозволяє зміцнювати інші форти та наближати допомогу із Сицилії.
Бої за Святий Ельм стали надзвичайно кровопролитними. Османські війська зазнали значних втрат, а серед захисників майже не залишилося тих, хто починав оборону форту. Під час облоги смертельно поранили Драгута, одного з найвідоміших османських флотоводців і корсарів. Після падіння форту османці продовжили атаки на Біргу та Сенглею, але захисники знову змогли втримати позиції.
Переломним моментом стала невдала спроба масштабного штурму в серпні. Османські війська майже прорвали оборону Бірги, однак несподіваний напад невеликого загону християнської кінноти на османський табір спричинив паніку. Віра в те, що на Мальту нарешті прибули значні підкріплення, змусила частину османських військ відступити.
Тим часом затяжна облога виснажувала османську армію. Втрати зростали, моральний стан погіршувався, а між командувачами виникали суперечки. Сулейман, який перебував у Константинополі, вимагав від Мустафи-паші пояснень щодо повільного просування. Навіть спроба наступу на Мдіну завершилася невдачею: захисники створили враження, що мають достатньо боєприпасів для тривалої оборони, хоча насправді їхні ресурси були майже вичерпані.
У вересні нарешті прибули очікувані підкріплення під командуванням дона Гарсії де Толедо. Поява приблизно восьми тисяч свіжих військ остаточно підірвала готовність османської армії продовжувати облогу. Війська відступили до кораблів і залишили Мальту.
Велика облога Мальти стала однією з найважливіших невдач Османської імперії в Середземномор’ї XVI століття. Захисники зазнали величезних втрат, однак османська армія втратила ще більше людей і не змогла захопити острів. Поразка зупинила спробу ліквідувати головний осередок госпітальєрів у центральному Середземномор’ї та стала важливою подією в тривалому протистоянні Османської імперії з європейськими державами.